Trotz Indonesiens Positionierung, sich nicht an sowjetische und amerikanische Blöcke anzulehnen, führten innenpolitische Unruhen zu einer Änderung der politischen Entscheidungen. Nach der Einführung eines Systems der „geleiteten" und „geführten" Demokratie beschließt Präsident Soekarno, sich der indonesischen kommunistischen Partei anzunähern: der PKI. Doch bald kollabiert die indonesische Wirtschaft und die Inflation explodiert.

Politische Unruhen und Machtübernahme

Die Situation ist kritisch und Indonesien steht am Rande des Zusammenbruchs. Die Bewegung vom 30. September 1965 in der Nähe von Jakarta erschüttert die ohnehin schwankende Ordnung. In der Nacht vom 30. September zum 1. Oktober werden sechs Generäle aus dem Generalstab der Landarmee von einer Gruppe rebellischer Soldaten entführt und brutal hingerichtet.

Noch weitgehend unbekannt zu dieser Zeit, reagiert Suharto, General und Kommandant der strategischen Reserve, und übernimmt die Führung der Armee, um den Aufstand zu beenden. Er löst die PKI auf und verbietet mit dem Kommunismus verbundene Lehren. Er sorgt dann dafür, die volle Macht zu erhalten, indem er Soekarno zwingt, die „Supersemar" zu unterzeichnen, die es ihm ermöglicht, die Stelle des Präsidenten einzunehmen. Der frühere indonesische Führer wird abgesetzt, zieht sich von der politischen Bühne zurück und lebt unter Hausarrest bis zu seinem Tod 1970.

Dann beginnt ein blutiger Übergang zu einer „Neuen Ordnung". Kommunistische Anhänger, ihre Familien und Freunde werden somit zu Zielen einer blutigen und repressiven politischen Säuberung. Unter der Leitung der Indonesischen Nationalpartei, der Muslimischen Partei Nahdlatul Ulama und der Streitkräfte richten sich diese Massaker auch gegen gemäßigte Muslime, Hindus, Christen und andere ethnische und religiöse Minderheiten wie die Chinesen in Indonesien. Sie fordern etwa 500 000 Opfer und erstrecken sich über mehrere Monate. Eine Million Menschen werden in Lager deportiert. Diese Phase wird als eine der dunkelsten in der Geschichte Indonesiens angesehen.

Die Regierung Suhartos

Suharto, nun fest an der Macht, hat die Ambition, zur Entwicklung Indonesiens beizutragen, auf Kosten der politischen Freiheit der Indonesier. Sie erneuern ihre Beziehungen zu den Vereinigten Staaten und zu großen internationalen Organisationen wie der UNO oder dem IWF. Parallel dazu bricht er die diplomatischen Beziehungen zum sowjetischen Block und zu China ab.

Alle fünf Jahre organisiert die Regierung ein Scheinspiel von Präsidentschaftswahlen, aus denen Suharto immer als großer Sieger hervorgeht. Er bleibt so dreiunddreißig Jahre lang an der Spitze Indonesiens.

Unter seiner Präsidentschaft beginnt der Archipel, ausländische Kapitalinvestitionen zu erhalten und sich wirtschaftlich durchzusetzen. Suharto ermöglicht es auch internationalen Ölkonzernen, sich auf dem Territorium anzusiedeln. Die generierten Einnahmen ermöglichen die Schaffung neuer administrativer, schulischer und medizinischer Infrastrukturen.

Auch gezwungen, seine Wirtschaft in den 1980er Jahren zu liberalisieren, erlebt Indonesien die Ausweitung von Unternehmsprivatisierungen. Suharto überträgt sie an enge Vertraute und Kinder, die sich beträchtlich bereichern. Darüber hinaus entstehen zahlreiche politische Unruhen, besonders in Timor, das von Indonesien besetzt wird. Diese Region erleidet zahlreiche Massaker und die Zahl der Opfer wird auf 200 000 Menschen geschätzt.

Zum Nachteil der Bevölkerung werden Korruption und Geldunterschlagung zur Normalität in der Regierung. Soziale Ungleichheiten verschärfen sich und die allgemeine Unzufriedenheit nimmt zu.

Schließlich gibt die asiatische Wirtschaftskrise, die Ende der 1990er Jahre eintritt, der Rebellion grünes Licht. Zahlreiche Demonstrationen und Unruhen brechen im Archipel aus. Viele Indonesier fordern den Rücktritt Suhartos. Dieser gibt letztendlich 1998 seinen Rücktritt von der Präsidentschaft bekannt und macht Platz für seinen ersten Vizepräsidenten B. J. Habibie.

Eine Phase der Reformen folgt und ermöglicht es Indonesien allmählich, sich wieder demokratischen Grundsätzen zuzuwenden, die so lange ersehnt waren.